مرجع
ویژگیهای اسید آمینه
جدول مرجع بیست اسید آمینه: کدهای یک و سهحرفی، دسته، جرم متوسط باقیمانده، آبگریزی کایت–دولیتل، pKa زنجیرهٔ جانبی برای باقیماندههای یونشپذیر، و کدونهایی که هرکدام را کد میکنند.
| کد | سهحرفی | دسته | جرم باقیمانده (Da) | آبگریزی | pKa زنجیرهٔ جانبی | کدونها |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A | Ala | ناقطبی | 71.08 | +1.8 | — | GCT GCC GCA GCG |
| C | Cys | قطبی | 103.14 | +2.5 | 8.33 | TGT TGC |
| D | Asp | اسیدی | 115.09 | -3.5 | 3.65 | GAT GAC |
| E | Glu | اسیدی | 129.12 | -3.5 | 4.25 | GAA GAG |
| F | Phe | ناقطبی | 147.18 | +2.8 | — | TTT TTC |
| G | Gly | ناقطبی | 57.05 | -0.4 | — | GGT GGC GGA GGG |
| H | His | بازی | 137.14 | -3.2 | 6.00 | CAT CAC |
| I | Ile | ناقطبی | 113.16 | +4.5 | — | ATT ATC ATA |
| K | Lys | بازی | 128.17 | -3.9 | 10.53 | AAA AAG |
| L | Leu | ناقطبی | 113.16 | +3.8 | — | TTA TTG CTT CTC CTA CTG |
| M | Met | ناقطبی | 131.19 | +1.9 | — | ATG |
| N | Asn | قطبی | 114.10 | -3.5 | — | AAT AAC |
| P | Pro | ناقطبی | 97.12 | -1.6 | — | CCT CCC CCA CCG |
| Q | Gln | قطبی | 128.13 | -3.5 | — | CAA CAG |
| R | Arg | بازی | 156.19 | -4.5 | 12.48 | CGT CGC CGA CGG AGA AGG |
| S | Ser | قطبی | 87.08 | -0.8 | — | TCT TCC TCA TCG AGT AGC |
| T | Thr | قطبی | 101.11 | -0.7 | — | ACT ACC ACA ACG |
| V | Val | ناقطبی | 99.13 | +4.2 | — | GTT GTC GTA GTG |
| W | Trp | ناقطبی | 186.21 | -0.9 | — | TGG |
| Y | Tyr | قطبی | 163.18 | -1.3 | 10.07 | TAT TAC |
جرم باقیمانده، جرم متوسط باقیمانده در یک زنجیره است، یعنی اسید آمینهٔ آزاد منهای یک آب. جرم کل یک پروتئین برابر مجموع باقیماندهها بهاضافهٔ یک آب است.
آبگریزی مقدار کایت–دولیتل است؛ مثبت آبگریز و منفی آبدوست است. pKa زنجیرهٔ جانبی مقدار معمول باقیماندههای یونشپذیر است و با محیط موضعی جابهجا میشود.
اینها ثابتهای مرجع استانداردند. ابزار پارامترهای پروتئین از همین مقادیر برای محاسبهٔ جرم، بار و آبگریزی یک توالی کامل استفاده میکند.
پرسشهای متداول
جرم باقیمانده یا جرم اسید آمینهٔ آزاد؟
جدول جرم باقیمانده را فهرست میکند — اسید آمینهٔ آزاد منهای یک آب — چون همین است که در طول زنجیره جمع میشود. یک پروتئین کامل برابر مجموع باقیماندهها بهاضافهٔ یک آب برای انتهاهای آزاد است.
چرا مقادیر pKa بین منابع فرق دارد؟
pKa زنجیرهٔ جانبی به محیط موضعی در پروتئین تاشده بستگی دارد، پس مجموعههای منتشرشده چند دهم اختلاف دارند. اینها مقادیر مدلِ معمول برای باقیماندههای یونشپذیرند؛ پیشبینی بار را تقریبی بدانید.
این کدام مقیاس آبگریزی است؟
کایت–دولیتل، پرکاربردترین مقیاس. مثبت آبگریز و منفی آبدوست است. مقیاسهای دیگری هم هستند که باقیماندهها را کمی متفاوت رتبه میدهند.