Справочник
Свойства аминокислот
Справочная таблица двадцати аминокислот: одно- и трёхбуквенные коды, класс, средняя масса остатка, гидропатия по Кайту–Дулиттлу, pKa боковой цепи для ионизируемых остатков и кодоны, кодирующие каждую.
| Код | 3 буквы | Класс | Масса остатка (Да) | Гидропатия | pKa боковой цепи | Кодоны |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A | Ala | неполярная | 71.08 | +1.8 | — | GCT GCC GCA GCG |
| C | Cys | полярная | 103.14 | +2.5 | 8.33 | TGT TGC |
| D | Asp | кислая | 115.09 | -3.5 | 3.65 | GAT GAC |
| E | Glu | кислая | 129.12 | -3.5 | 4.25 | GAA GAG |
| F | Phe | неполярная | 147.18 | +2.8 | — | TTT TTC |
| G | Gly | неполярная | 57.05 | -0.4 | — | GGT GGC GGA GGG |
| H | His | основная | 137.14 | -3.2 | 6.00 | CAT CAC |
| I | Ile | неполярная | 113.16 | +4.5 | — | ATT ATC ATA |
| K | Lys | основная | 128.17 | -3.9 | 10.53 | AAA AAG |
| L | Leu | неполярная | 113.16 | +3.8 | — | TTA TTG CTT CTC CTA CTG |
| M | Met | неполярная | 131.19 | +1.9 | — | ATG |
| N | Asn | полярная | 114.10 | -3.5 | — | AAT AAC |
| P | Pro | неполярная | 97.12 | -1.6 | — | CCT CCC CCA CCG |
| Q | Gln | полярная | 128.13 | -3.5 | — | CAA CAG |
| R | Arg | основная | 156.19 | -4.5 | 12.48 | CGT CGC CGA CGG AGA AGG |
| S | Ser | полярная | 87.08 | -0.8 | — | TCT TCC TCA TCG AGT AGC |
| T | Thr | полярная | 101.11 | -0.7 | — | ACT ACC ACA ACG |
| V | Val | неполярная | 99.13 | +4.2 | — | GTT GTC GTA GTG |
| W | Trp | неполярная | 186.21 | -0.9 | — | TGG |
| Y | Tyr | полярная | 163.18 | -1.3 | 10.07 | TAT TAC |
Масса остатка — это средняя масса остатка в цепи, то есть свободная аминокислота минус одна вода. Масса целого белка равна сумме остатков плюс одна вода.
Гидропатия — значение по Кайту–Дулиттлу; положительное гидрофобно, отрицательное гидрофильно. pKa боковой цепи — типичное значение ионизируемых остатков и смещается с локальным окружением.
Это стандартные справочные константы. Инструмент параметров белка использует те же значения для расчёта массы, заряда и гидропатии целой последовательности.
Частые вопросы
Масса остатка или свободной аминокислоты?
В таблице приведена масса остатка — свободная аминокислота минус одна вода — потому что именно она складывается вдоль цепи. Целый белок равен сумме остатков плюс одна вода на свободные концы.
Почему значения pKa различаются между источниками?
pKa боковой цепи зависит от локального окружения в свёрнутом белке, поэтому опубликованные наборы отличаются на десятые. Это типичные модельные значения для ионизируемых остатков; считайте предсказание заряда приблизительным.
Какая это шкала гидропатии?
Кайта–Дулиттла, самая распространённая шкала. Положительное гидрофобно, отрицательное гидрофильно. Существуют и другие шкалы, слегка иначе ранжирующие остатки.