Référence
Propriétés des acides aminés
Une table de référence des vingt acides aminés : codes à une et trois lettres, classe, masse moyenne du résidu, hydropathie de Kyte–Doolittle, pKa de chaîne latérale des résidus ionisables, et les codons qui codent chacun.
| Code | 3 lettres | Classe | Masse du résidu (Da) | Hydropathie | pKa de chaîne latérale | Codons |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A | Ala | apolaire | 71.08 | +1.8 | — | GCT GCC GCA GCG |
| C | Cys | polaire | 103.14 | +2.5 | 8.33 | TGT TGC |
| D | Asp | acide | 115.09 | -3.5 | 3.65 | GAT GAC |
| E | Glu | acide | 129.12 | -3.5 | 4.25 | GAA GAG |
| F | Phe | apolaire | 147.18 | +2.8 | — | TTT TTC |
| G | Gly | apolaire | 57.05 | -0.4 | — | GGT GGC GGA GGG |
| H | His | basique | 137.14 | -3.2 | 6.00 | CAT CAC |
| I | Ile | apolaire | 113.16 | +4.5 | — | ATT ATC ATA |
| K | Lys | basique | 128.17 | -3.9 | 10.53 | AAA AAG |
| L | Leu | apolaire | 113.16 | +3.8 | — | TTA TTG CTT CTC CTA CTG |
| M | Met | apolaire | 131.19 | +1.9 | — | ATG |
| N | Asn | polaire | 114.10 | -3.5 | — | AAT AAC |
| P | Pro | apolaire | 97.12 | -1.6 | — | CCT CCC CCA CCG |
| Q | Gln | polaire | 128.13 | -3.5 | — | CAA CAG |
| R | Arg | basique | 156.19 | -4.5 | 12.48 | CGT CGC CGA CGG AGA AGG |
| S | Ser | polaire | 87.08 | -0.8 | — | TCT TCC TCA TCG AGT AGC |
| T | Thr | polaire | 101.11 | -0.7 | — | ACT ACC ACA ACG |
| V | Val | apolaire | 99.13 | +4.2 | — | GTT GTC GTA GTG |
| W | Trp | apolaire | 186.21 | -0.9 | — | TGG |
| Y | Tyr | polaire | 163.18 | -1.3 | 10.07 | TAT TAC |
La masse du résidu est la masse moyenne du résidu dans une chaîne, soit l’acide aminé libre moins une eau. La masse d’une protéine entière est la somme de ses résidus plus une eau.
L’hydropathie est la valeur de Kyte–Doolittle ; positive pour hydrophobe, négative pour hydrophile. Le pKa de chaîne latérale est la valeur typique des résidus ionisables et se déplace selon l’environnement local.
Ce sont des constantes de référence standard. L’outil de paramètres protéiques utilise les mêmes valeurs pour calculer masse, charge et hydropathie d’une séquence entière.
Questions fréquentes
Masse du résidu ou de l’acide aminé libre ?
La table donne la masse du résidu — l’acide aminé libre moins une eau — car c’est elle qui s’additionne le long d’une chaîne. Une protéine entière est la somme de ses résidus plus une eau pour les extrémités libres.
Pourquoi les pKa varient-ils selon les sources ?
Le pKa de chaîne latérale dépend de l’environnement local dans une protéine repliée, si bien que les jeux publiés diffèrent de quelques dixièmes. Ce sont des valeurs modèles typiques ; traitez les prédictions de charge comme approximatives.
Quelle échelle d’hydropathie est-ce ?
Kyte–Doolittle, l’échelle la plus utilisée. Positif hydrophobe, négatif hydrophile. D’autres échelles existent et classent les résidus un peu différemment.