پروتئین
بازده پروتئین
غلظت و حجم را به پروتئین کل تبدیل میکند، سپس دنبال میکند چقدر نگه داشتهاید. مقدار آغازین بدهید تا درصد بازیابی یک مرحلهٔ خالصسازی را بگیرید، یا حجم کشت بدهید تا بازده در هر لیتر برای مقایسهٔ بیان میان رانها بهدست آید.
بازیابی و بازده
پروتئین کل برابر غلظت ضربدر حجم است. بازیابی آن را با مقداری که مرحله را با آن آغاز کردید مقایسه میکند، پس اتلاف در طول خالصسازی را دنبال میکند. بازده در هر لیتر، کل را بر حجم کشت تقسیم میکند تا عددِ بیانی بهدست آید که میان رانها قابل مقایسه است.
فرمول
کل = غلظت × حجم؛ بازیابی = کل ÷ آغازین × ۱۰۰
- غلظت
- غلظت پروتئین فراکشن، بر حسب mg/ml
- حجم
- حجم فراکشن، بر حسب ml
- پروتئین آغازین
- مقداری که مرحله را با آن آغاز کردید، برای بازیابی
- حجم کشت
- حجم کشت بیان، برای بازده در هر لیتر
مثال حلشده
۲٫۵ mg/ml در ۴ ml
- غلظت ۲٫۵ mg/ml
- حجم ۴ ml
- آغازین ۲۰ mg
- کل: ۲٫۵ × ۴ برابر ۱۰ میلیگرم.
- بازیابی: ۱۰ ÷ ۲۰ برابر ۵۰ درصد.
پاسخ ۱۰ میلیگرم پروتئین، بازیابی ۵۰ درصد
خطاهای رایج
- اندازهگیری غلظت و مقدار آغازین با سنجشهای متفاوت. برادفورد اینجا و BCA آنجا تمیز مقایسه نمیشوند؛ بازیابی وقتی معنا دارد که روش یکسان باشد.
- خواندن بازیابی بالای صد درصد بهعنوان سود واقعی. معمولاً نشانهٔ ناهماهنگی سنجش یا رقت یا مواد مزاحم است، نه پروتئین بیشتر از آغاز.
- مقایسهٔ بازده در هر لیتر میان میزبانها یا محیطهای مختلف بدون ذکر آنها. این عدد تنها در یک سامانهٔ بیان یکسان قابل مقایسه است.
پرسشهای متداول
غلظت را چطور بگیرم؟
از خوانش A280 با ضریب خاموشی، یا سنجش رنگسنجی در برابر منحنی استاندارد. ابزارهای a280 و منحنی استاندارد هر دو آن را میدهند.
آیا این برابری خالصسازی است؟
نه. برابری خالصسازی به فعالیت ویژه، یعنی فعالیت در هر میلیگرم، نیاز دارد. این ابزار پروتئین کل و بازیابی را دنبال میکند، نه فعالیت را.
بازیابی خوب چقدر است؟
کاملاً به مرحله و پروتئین بستگی دارد؛ هدف جهانی وجود ندارد. آن را در طول مراحل دنبال کنید تا بیابید کجا مواد را از دست میدهید.