Protéines
Rendement protéique
Transforme une concentration et un volume en protéine totale, puis suit ce que vous avez gardé. Donnez une quantité de départ pour la récupération en pourcentage sur une étape de purification, ou un volume de culture pour le rendement par litre afin de comparer l’expression entre essais.
Récupération et rendement
La protéine totale est la concentration multipliée par le volume. La récupération la compare à la quantité de départ d’une étape, suivant ainsi les pertes au fil de la purification. Le rendement par litre divise le total par le volume de culture, donnant une valeur d’expression comparable entre essais.
Formule
total = concentration × volume ; récupération = total ÷ départ × 100
- concentration
- concentration protéique de la fraction, en mg/ml
- volume
- volume de la fraction, en ml
- protéine de départ
- la quantité au début de l’étape, pour la récupération
- volume de culture
- le volume de culture d’expression, pour le rendement par litre
Exemple résolu
2,5 mg/ml dans 4 ml
- concentration 2,5 mg/ml
- volume 4 ml
- départ 20 mg
- Total : 2,5 × 4 donne 10 mg.
- Récupération : 10 ÷ 20 donne 50 pour cent.
Réponse 10 mg de protéine, 50 pour cent de récupération
Erreurs courantes
- Mesurer la concentration et la quantité de départ par des dosages différents. Un Bradford ici et un BCA là ne se comparent pas proprement ; la récupération n’a de sens qu’avec une méthode constante.
- Lire une récupération au-dessus de 100 pour cent comme un gain réel. C’est en général un écart de dosage ou de dilution, ou des substances interférentes, non plus de protéine qu’au départ.
- Comparer des rendements par litre entre hôtes ou milieux différents sans le noter. La valeur n’est comparable que dans un système d’expression constant.
Questions fréquentes
Comment obtenir la concentration ?
D’une lecture A280 avec le coefficient d’extinction, ou d’un dosage colorimétrique sur une courbe étalon. Les outils a280 et courbe étalon la produisent tous deux.
Est-ce le facteur de purification ?
Non. Le facteur de purification exige l’activité spécifique, soit l’activité par milligramme. Cet outil suit la protéine totale et la récupération, pas l’activité.
Quelle bonne récupération ?
Cela dépend entièrement de l’étape et de la protéine ; il n’y a pas de cible universelle. Suivez-la au fil des étapes pour repérer où vous perdez du matériel.